相对于佛寺的建筑，此时石窟所取得的成就更高。因为佛寺大多都采用土木结构，所以这一时期的佛寺殿堂建筑全都没有留存至今，而石窟则大都完好地保留了下来，是我国珍贵的历史文化遗产。关于我国石窟的开凿年代，有关的记载很少，所以我国石窟的开凿究竟始于何时，现在还无定论，但至今已经发现的，有年代可考最早的石窟是位于甘肃敦煌莫高窟的千佛洞石窟，该窟建于前秦建元二年。又据有关史书印证，推定我国石窟大约产生于东晋十六国时期。
我国石窟主要沿着内地西行的交通路线分布，而其顺序正与这条线路相反，是自西向东发展和传播的。大致路线为由新疆经甘肃、宁夏、陕西传入山西、河南、河北，然后北上辽宁、南下江苏、浙江、广州等地，并深入到四川、广西等内陆地区。我国最早开凿佛窟、修造佛像的是新疆地区，这里旧称西域，是从印度进入我国的必经之地，而我国早期的佛教也是由西域各国的僧侣传入的，因此开凿佛窟的历史比较悠久。
在新疆的阿克苏、库车和吐鲁番等地都有石窟群，而这些石窟群的开凿年代可能要远早于敦煌莫高窟的千佛洞。甘肃敦煌地区虽然地处西北，但在当时不仅是西行中的交通要道，还是躲避中原战乱的一处胜地。因此无论是东来的印度高僧，还是西去的中原高僧都有在此修行、开凿石窟造像的活动。
据史书中记载，早在东晋时敦煌已经是“村坞相属，多有塔寺”了。而且，自前秦开始修建以来，以后历代的修造工作基本上一直都在继续，至唐时已经修建了上千座佛龛，因此又称为“千佛洞”。莫高窟以精美的壁画、雕塑和各式石窟而闻名，它保存了自两晋南北朝时起到元代的各类佛窟、佛像、绘画遗迹，是一处研究中国佛窟不可多得的场所。
除甘肃莫高窟始创于此时外，山西大同的云冈石窟也于北魏时期建都平城（今大同）时由高僧昙曜奉旨开凿，现存大多数佛窟都于此时建成，整个主体的修造工作延续了半个世纪，至北魏孝文帝迁都洛阳时，云冈石窟已经基本开凿完成了。在云冈石窟的开凿工作中，异域的一些僧侣也参加了修建工作，因此石窟雕像兼有中外双重风格，这也成为云冈石窟的一大特色；同时由于主持修建的是孝文帝，他是鲜卑拓跋部政权的皇帝，从某种意义上说属于当时的北方少数民族，因此佛像还透露出少数民族的相貌特点，这是云冈石窟的另一大特色。
河南的龙门石窟也在北魏孝文帝时期开凿，主要以北魏和唐代的修建活动为主。龙门石窟中不仅雕刻有各种佛像，还出现了反映帝王、贵族及供养人形象的浮雕作品，这些作品大多真实地再现了当时的经济、文化和艺术特点，为研究古代社会情况提供了重要的参考。此外，龙门石窟还雕刻有丰富的题字和书法作品，是研究我国书法艺术及其发展情况的珍贵实物；龙门石窟中还有一雕刻药方的石窟，展示了我国古代医学的成就，并通过这种独特的方式将一些珍贵的医药良方保存了下来。
甘肃莫高窟、山西云冈石窟和河南龙门石窟，这三处石窟在后世均有不同规模的扩建，被喻为我国“三大石刻艺术宝库”。我国另一处佛窟圣地麦积山也在东晋十六国时期就有了开凿石窟的记载，但由于麦积山岩石松软不宜雕凿石像，所以石窟中以各式泥塑佛像而闻名。可以说，此时期我国的石窟和石窟造像活动十分频繁，是我国石窟造像史上的一个重要的开创阶段。由于这些石窟年代久远，在自然的损坏及人为的破坏下，窟中所造佛像已经悉数破坏，没有完整留存，但从中发现的一些佛像残片来看，此时的佛像还主要采用的是印度等地的异域样式，但已经开始注意到结合中国传统艺术的一些特色，处于佛教初步近向本土化的阶段。
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